SIMAP

SIMAP@home
Bereich:	Biochemie
Ziel:	Berechnung der Ähnlichkeit von Proteinsequenzen und Speicherung in einer Datenbank
Betreiber:	GSF National Research Center for Environment and Health, Neuherberg TU München, Center of Life and Food Science, Weihenstephan, Universität Wien
Land:	Deutschland
Plattform:	BOINC
Website:	boincsimap.org/boincsimap
Projektstatus
Status:	aktiv
Beginn:	13.12.2005
Ende:	noch aktiv

SIMAP (Similarity Matrix of Proteins; dt.: Ähnlichkeitsmatrix für Proteine) ist eine Datenbank für Proteinähnlichkeiten. Diese Datenbank beinhaltet alle bisher veröffentlichten Proteinsequenzen und wird fortlaufend aktualisiert. Ähnlichkeiten der Proteine werden dabei unter Verwendung des FASTA-Algorithmus berechnet. Es handelt sich um die bisher einzige derartige Datenbank, die tatsächlich alle bisher bekannten Proteine mit einbezieht.

Hintergrund

Proteinähnlichkeiten sind ein wichtiges Arbeitsmittel der Bioinformatik. Sie bieten ein Maß für eine Art Verwandtschaftsverhältnis zwischen verschiedenen Proteinen. Da die Zahl der bekannten Proteine bei weitem die Menge übersteigt, die sich experimentell in Labors untersuchen lässt, werden die Eigenschaften bereits untersuchter Proteine auf nahe Verwandte, also sehr ähnliche Proteine, übertragen. Bisher wurden diese Ähnlichkeiten bei Bedarf immer wieder aufs Neue berechnet. Bei SIMAP werden diese Ähnlichkeiten nun nicht bei Bedarf, sondern bereits im Voraus vollständig berechnet und in der Datenbank hinterlegt. SIMAP ist ein Gemeinschaftsprojekt des GSF-Forschungszentrums für Gesundheit und Umwelt in Neuherberg und der Technischen Universität München und steht für Forschung und Lehre vollständig kostenlos zur Verfügung.

BOINCSIMAP

Da der immens hohe Rechenaufwand bei der Vorausberechnung der Ähnlichkeiten die SIMAP-Kapazitäten übersteigt, entschloss man sich, mit dem Projekt BOINCSIMAP und dem Programm SIMAP@home auf Mittel des verteilten Rechnens zurückzugreifen. Dazu wurde auf der Basis von FASTA ein Client entwickelt, welcher die BOINC-Infrastruktur nutzt.

Ein weiteres Programm namens HMMER^[1] nutzt das Hidden Markov Model zur Suche nach Proteindomänen und wird auch gelegentlich mit BOINCSIMAP eingesetzt.

Für die Analyse der Sequenzähnlichkeiten und Domänen werden unter anderem die Daten aus den Datenbanken PDB, RefSeq, UniProt und GenBank verwendet.^[2]

Siehe auch

• Verteiltes Rechnen
• Proteinstruktur
• Rosetta@home
• POEM@home
• Predictor@home

Weblinks

• SIMAP (englisch) – Hauptseite
• SIMAP - Similarity Matrix of Proteins (englisch) – Webseite vom SIMAP-BOINC-Projekt bei der Universität Wien und der TUM

Einzelnachweise

1. ↑ HMMER (englisch) – offizielle Projektseite; Stand: 23. Dezember 2007
2. ↑ BOINCSIMAP News – Meldung bei BOINCSIMAP; Stand: 12. Oktober 2007

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