Eugene Myers

Eugene „Gene“ Wimberly Myers Jr. (* 31. Dezember 1953 in Boise, Idaho)^[1] ist ein US-amerikanischer Informatiker, bekannt für Arbeiten in der Bioinformatik. Er war einer der Entwickler des BLAST-Programms zur Gensequenzierung und trug mit weiteren Algorithmen wesentlich zum vorzeitigen Abschluss des Human Genome Project und anderer großer Gensequenzierungsprojekte bei.

Myers verbrachte seine Jugend im Fernen Osten (Pakistan, Indien, Indonesien, Hongkong, Japan) nach den Arbeitsorten seines Vaters, der für Exxon arbeitete. Er studierte Mathematik am Caltech (Bachelor Abschluss) und an der University of Colorado at Boulder, wo er 1981 bei Andrzej Ehrenfeucht promoviert wurde (A Depth-First Characterization of k-Connectivity and Its Application to Connectivity Testing).^[2] Während seines Studiums war er auch bei den Bell Laboratories und am National Center for Atmospheric Research in Boulder (Colorado). Ab 1981 war er Assistant Professor an der University of Arizona, wo er sich mit Algorithmen für den DNA-Sequenzvergleich zu beschäftigen begann, 1999 bis 2002 war er Vizepräsident für Informatik-Forschung bei der ein Jahr zuvor gegründeten Celera Genomics in Rockville (Maryland) und ab 2003 Professor für Informatik und Molekularbiologie an der University of California, Berkeley. Zurzeit ist er Gruppenleiter am Janelia Farm Research Campus des Howard Hughes Medical Institute (HHMI) in Loudoun County in Virginia.

Myers entwickelte mit Stephen Altschul und anderen Ende der 1980er Jahre das in der Gensequenzierung weit verbreitete BLAST-Programm.^[3] Ihre Veröffentlichung gehört zu den am meisten zitierten Arbeiten der 1990er Jahre, das BLAST-Programm wird täglich von Wissenschaftlern benutzt, die DNA-Sequenzen mit den in den öffentlich zugänglichen Datenbanken gespeicherten Sequenzen der großen Genomsequenzierungsprojekte vergleichen.

Bei Celera Genomics war Myers an der Entwicklung von Algorithmen beteiligt (Whole Genome Shutgun Sequencing Protocol), die die Zusammensetzung des 3 Milliarden Basenpaaren langen menschlichen Genoms aus kleinen Schnipseln ermöglichten und den frühen Abschluss (Jahre vor dem ursprünglich erwarteten Zeitpunkt) des Human Genome Projects ermöglichten. Gleichzeitig gelang dies auch von Seiten der öffentlichen Forschung dank Fortschritten unter anderem seines Freundes und ehemaligen Studienkollegen in Colorado David Haussler an der University of California, Santa Cruz, von Eric Lander am MIT und anderen. Die Möglichkeit größerer Gensequenzierungen^[4] hatte die Gruppe um Craig Venter schon 1995 gezeigt mit der Sequenzierung des 1,8 Millionen Basenpaare umfassenden Haemophilus influenzae Gens mit der Shot Gun Methode. Der Genetiker Jim Weber und Myers erarbeiteten einen Vorschlag,^[5] die Methode auch für das Human Genome Project anzuwenden und untermauerten ihn durch Simulationen, er wurde aber anfangs sehr kritisch aufgenommen, erhielt aber von Craig Venter bei Celera 1998 eine Chance.^[6]

Myers war auch am Sequenzierungsprojekt der Drosophila-Fruchtfliege (von Gerald Rubin, dem Direktor des Janelia Farm Labors, geleitet) und an dem der Maus beteiligt.

Zur Zeit (2010) arbeitet er im Labor von Janelia Farm an einem Projekt, in dem die auf mikroskopischen Aufnahmen basierenden Computer-Karten der Gehirne von Fliegen und Mäusen möglichst genau und automatisiert neuroanatomisch ausgewertet werden sollen.

Mit Udi Manber entwickelte er die Suffix Array Datenstruktur.^[7] Von ihm stammt auch der Algorithmus in GNU diff.^[8]

2001 erhielt er den Paris-Kanellakis-Preis der ACM. 2003 wurde er in die National Academy of Engineering aufgenommen und 2004 erhielt er den Max-Planck-Forschungspreis.

Weblinks

• Biographie beim HHMI
• Max-Planck-Forschungspreis 2004 an Myers, pdf

Einzelnachweise

1. ↑ Portrait von Myers in Neil C. Jones, Pavel Pevzner An introduction to bioinformatics algorithms, MIT Press 2004, S. 333f
2. ↑ Mathematics Genealogy Project
3. ↑ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ Basic local alignment search tool, J Mol Biol, 215, 1990, 403–410
4. ↑ Davor dachte man, dass dies nur für Genabschnitte im Umfang von BACs praktikabel war, als etwa 150.000 Basenpaare, und die Strategie bestand darin, das Genom in BACs einzuteilen und diese mit der Shot Gun Methode zu sequenzieren.
5. ↑ J. Weber, Myers Whole genome shotgun sequencing, Genome Research, Band 7, 1997, S. 401-409. Zuerst dargestellt in Roach, Boysen, Wang, Hood Pairwise end sequencing: a unified approach to genomic mapping and sequencing, Genomics, Band 26, 1995, S. 345
6. ↑ Die Geschichte ist z.B. in Jones, Pevzner Introduction to bioinformatics algorithms, 2004, S. 333ff dargestellt
7. ↑ Myers, Manber Suffix arrays: a new method for on-line string searches,SIAM Journal on Computing, Band 22, 1993, S.. 935–948
8. ↑ Handbuch zu GNU diff. Dort wird hingewiesen auf Eugene W. Myers An O(ND) Difference Algorithm and its Variations, Algorithmica, Band 1, 1986, S. 251–266, Myers, Webb Miller A File Comparison Program, Software—Practice and Experience, Band 15, 1985, S. 1025–1040