Serielle Analyse der Genexpression


Serielle Analyse der Genexpression

Die serielle Analyse der Genexpression (SAGE, von engl. Serial Analysis of Gene Expression) ist eine effektive Methode zur Identifizierung von kurzen cDNA-Fragmenten, sogenannten tags, die mittels dem Enzym Reverse Transkriptase aus mRNA-Molekülen gewonnen wurden. Die Methode wurde 1995 von Victor Velculescu entwickelt.[1][2]

Während die ursprüngliche SAGE-Methode lediglich Tags mit 10–14 bp hervorbrachte, entstehen bei der aktuellen Variante SuperSAGE Tags mit einer Länge von 26–28 bp. Dies ermöglicht eine vielfach bessere Zuordnung zu bekannten Gensequenzen, erlaubt das Design von spezifischen Primern z. B. für RACE-PCR und eröffnet neue Analyse-Möglichkeiten, z. B. die gleichzeitige Analyse mehrerer Organismen. Aufgrund der längeren Tags empfiehlt sich SuperSAGE auch zur Analyse von Organismen mit unbekannten Genomen und zur Entdeckung neuer Gene und Transkript-Varianten.

Mit SAGE und seinen Varianten kann das Transkriptom einer Zelle, eines Gewebes oder eines Organs zu einem beliebigen Entwicklungs- oder Krankheitsstadium umfassend analysiert werden.

SAGE und seine Varianten ermöglichen die Analyse einer sehr großen Menge von Genen. Ferner kann die Anzahl der genspezifischen mRNA-Moleküle relativ gut bestimmt werden; SAGE ist also eine quantifizierende Methode. Gegenüber dem Microarray-Verfahren, welches als Closed System nur bekannte und gespottete Gene detektieren kann, bietet SAGE als Open System den Vorteil, dass auch noch unbekannte Gene, oder Gene, von denen nicht erwartet wurde, sie vorzufinden, detektiert und ausgewertet werden können.

Einzelnachweise

  1. Velculescu, V.E. et al. (1995): Serial Analysis of Gene Expression. In: Science. Bd. 270, S. 484-487. PMID 7570003
  2. Anisimov, S.V. (2008): Serial Analysis of Gene Expression (SAGE): 13 years of application in research. In: Curr. Pharm. Biotechnol. 9(5):338-350. PMID 18855686 PDF

Siehe auch


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