Ensembl


Ensembl

Ensembl ist ein bioinformatisches Forschungsprojekt, welches darauf abzielt "Software zu entwickeln, welche automatisch Vermerke zum eukaryotischen Genom anlegt und pflegt". Es wird in Zusammenarbeit mit dem Wellcome Trust Sanger Institute und dem European Bioinformatics Institute (EBI) betrieben, auf einem Außenposten des European Molecular Biology Laboratory (EMBL). Alle Daten und Software die in diesem Projekt erzeugt werden, können von jedem eingesehen und genutzt werden. Der Upload sowie auch der Download von Daten ist möglich. Die meiste Software basiert auf Perl und der BioPerl-Infrastruktur.

Folgende Genome von Vertebraten und Modellorganismen können eingesehen und durchsucht werden:

  • Hefen: Bierhefe (Saccharomyces cerevisiae)

Datenanzeige

Auf der Eingangsseite der einzelnen Spezies findet der Anwender zunächst Statistiken, allgemeine Informationen über das Genom und Neuigkeiten.

Die Genkarte kann entweder durch einfaches Klicken auf einen Chromosomenabschnitt oder durch manuelle Eingabe von Genmarkern aufgerufen werden. Auf der Seite werden vier Teilabschnitte angezeigt:

  • das komplette Chromosom mit hervorgehobenen Ausschnitt, der im Detail betrachtet wird
  • Overview: ein Überblick über eventuelle Syntänien (das Vorhandensein von Chromosomenbereichen mit den gleichen Genen in der gleichen Anordnung bei verschiedenen Spezies), Gene und Marker in der ausgewählten Region
  • Detailed View: Gene, mRNA, Proteine etc. können hier eingesehen werden
  • Basepair View: Anzeige der Nukleotidsequenz mit ihren drei möglichen Leserastern und die daraus resultierenden Aminosäuresequenzen

Suchfunktionen

  • Stichwortsuche: mit "Search Ensembl" kann der Nutzer z. B. nach Genen, Markernamen, Proteinen, Krankheiten oder Syndromen die bereitgestellten Genome durchsuchen.
  • BLAST: die BLAST-Suchfunktion ermöglicht es, eine gegebene Nukleotid- oder Proteinsequenz mit der Datenbank zu vergleichen.
  • ExportView: ExportView findet Genregionen anhand der Eingabe von Koordinaten.
  • Data mining (BioMart): dieses Tool ermöglicht eine durch vielfältige Filtereinstellungen präzise Suche nach Genregionen.

Weblinks



Wikimedia Foundation.

Schlagen Sie auch in anderen Wörterbüchern nach:

  • Ensembl — is a joint scientific project between the European Bioinformatics Institute and the Wellcome Trust Sanger Institute, which was launched in 1999 in response to the imminent completion of the Human Genome Project. Its aim is to provide a… …   Wikipedia

  • ENSEMBL — est un système bio informatique d annotation automatique de génomes. C est un projet conjoint de l European Bioinformatics Institute (EBI) et du Wellcome Trust Sanger Institute dont l idée centrale est d organiser de vastes champs d information… …   Wikipédia en Français

  • Ensembl — est un système bio informatique d annotation automatique de génomes. C est un projet conjoint de l European Bioinformatics Institute (EBI) et du Wellcome Trust Sanger Institute dont l idée centrale est d organiser de vastes champs d information… …   Wikipédia en Français

  • Ensembl — Saltar a navegación, búsqueda Ensembl es un proyecto de investigación bioinformática que trata de desarrollar un sistema de software que produzca y mantenga anotaciones automáticas en los genomas eucariotas seleccionados . Funciona como una… …   Wikipedia Español

  • Ensembl — — совместный проект Европейской Лаборатории молекулярной биологии (EMBL EBI, Germany) и Центра Сэнгера (Sanger Centre, UK) для разработки программного продукта, цель которого создание описаний (аннотаций) геномов эукариотов и их автоматического… …   Генетика. Энциклопедический словарь

  • DECIPHER — This article is about the biological database. For other uses, see Decipher (disambiguation). A segment of the human reference genome, viewed using Ensembl with the DECIPHER track enabled. Red bars represent individual mutations for anonymous… …   Wikipedia

  • Chromosomen — Metaphase Chromosomen aus einer menschlichen, weiblichen Lymphozytenzelle, Färbung mit dem Fluoreszenzfarbstoff Chromomycin A3. Die Chromosomen liegen teilweise übereinander. Jedes …   Deutsch Wikipedia

  • Chromosomenanzahl — Metaphase Chromosomen aus einer menschlichen, weiblichen Lymphozytenzelle, Färbung mit dem Fluoreszenzfarbstoff Chromomycin A3. Die Chromosomen liegen teilweise übereinander. Jedes …   Deutsch Wikipedia

  • Metazentrisches Chromosom — Metaphase Chromosomen aus einer menschlichen, weiblichen Lymphozytenzelle, Färbung mit dem Fluoreszenzfarbstoff Chromomycin A3. Die Chromosomen liegen teilweise übereinander. Jedes …   Deutsch Wikipedia

  • 5-alpha-Reduktase — Steroid 5α Reduktase 1 Größe 259 Aminosäuren; 29,5 kDa Bezeichner Gen Namen …   Deutsch Wikipedia