IHOP (Datenbank)


IHOP (Datenbank)

iHOP (information Hyperlinked Over Proteins) ist eine frei zugängliche Literatursuchmaschine, die in Abstracts von Pubmed-Artikeln vorkommende Gen- und Proteinbezeichnungen als Hyperlinks verwendet und somit die Suche nach thematisch miteinander verwandten biowissenschaftlichen Artikeln erleichtert. Vor allem wird eine einfache und schnelle Suche nach Interaktionspartnern von Genprodukten beziehungsweise nach Artikeln, die entsprechende Interaktionen beschreiben, ermöglicht. Des Weiteren findet sich eine sorgfältig recherchierte Aufzählung von Synonymen für Gennamen.

Inhaltsverzeichnis

Hintergrund

Im Gegensatz zu konventionellen Suchmaschinen, die eine Liste von Ergebnissen liefern, strebt iHOP danach, zusammenhängende Inhalte zu verlinken (wie es beispielsweise bei Wikipedia der Fall ist). In den biomedizinischen Wissenschaften - mit dem Zugangsportal Pubmed - bieten sich dafür als natürliche Informationseinheiten Gene bzw. Genprodukte (also Proteine) an. Pubmed lässt sich somit als ein Netzwerk von Genen betrachten, der mit Hyperlinks versehen und ähnlich wie das Internet gehandhabt werden kann. Der Zusammenhang zwischen den Artikeln wird dabei über in einzelnen Abstract-Sätzen vorkommende Genbezeichnungen hergestellt.

Funktionsweise

Einmal monatlich werden Genbezeichnungen (aus Datenbanken wie UniProt und LocusLink) sowie Abstracts von Pubmed-Artikeln importiert. Die Abstracts werden maschinell nach Gensynonymen und MeSH-Begriffen (Medical Subject Headings) durchsucht (Wörterbuch-basierte Suche). Für jedes Gen und jedes Abstract wird eine Quellseite erstellt, die in Sätze gegliederten Originaltext enthält, wobei Gensynonyme, MeSH-Begriffe und assoziierte Verben hervorgehoben sind. Genseiten enthalten zusätzliche Informationen (wie z.B. über homologe Gene). Bei Useranfrage werden die entsprechenden Quellseiten als HTML-Seiten präsentiert.

Ergebnis

Bei der Suche nach einem Gen bzw. Genprodukt (also Protein; zwischen Gen und Protein wird nicht unterschieden) gelten diejenigen aus Abstracts entnommenen Sätze als Treffer, in der die Bezeichnung für das gesuchte Gen in Verbindung mit einem MeSH-Begriff oder mit einer weiteren Genbezeichnung vorkommt (was eine Interaktion der beiden Genprodukte nahelegt). Ein wesentliches Feature sind dabei die zahlreichen aus verschiedenen Datenbanken zusammengetragenen Synonymbezeichnungen für ein Gen. Der entsprechende MeSH-Begriff kann für eine google- oder Pubmed-Suche verwendet werden. Das in Verbindung mit dem ersten Gen erwähnte zweite Gen führt dagegen als Hyperlink auf eine eigene Seite, auf der wiederum die Information für dieses Gen zusammengetragen ist (also der Zusammenhang zu entsprechenden MeSH-Begriffen beziehungsweise weiteren Genen; dabei werden die Interaktionen mit dem Gen, über den man auf die entsprechende Seite gelangt ist, an erster Stelle angeführt). Diese Möglichkeit, Genbezeichnungen als Hyperlinks zu verwenden, ist die ursprüngliche Idee und die eigentliche Stärke von iHOP; es verschafft somit einen schnellen Überblick über zueinander in Beziehung stehende Genprodukte. Die entsprechenden Auszüge aus Abstracts können gespeichert und die Verbindungen zwischen den Genprodukten graphisch dargestellt werden.

Quellen

  • Hoffmann, R., Valencia, A.: A Gene Network for Navigating the Literature. Nature Genetics 36, 664 (2004).
  • Hoffmann, R., Valencia, A.: Implementing the iHOP concept for navigation of biomedical literature. Bioinformatics 21(suppl. 2), ii252-ii258 (2005).

Weblinks


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