Bioinformatik-Harvester

Der Bioinformatik-Harvester (englisch harvester, „die Erntemaschine, -arbeiter“) ist eine Bioinformatik-Meta-Suchmaschine über Gene und Proteine von Mensch, Maus, Zebrafisch, Arabidopsis, Drosophila und Ratte. Der Harvester vereint oder verlinkt den Inhalt von ca. 51 häufig verwendeten Bioinformatik-Ressourcen. Ein spezielles Ranking-Verfahren sortiert vorab die Informationen und präsentiert dem Benutzer die relevantesten Suchergebnisse in sehr kurzer Zeit.

Inhaltsverzeichnis

Funktionsweise

Der Harvester sammelt Informationen von Protein-/Gen-Datenbanken und sogenannten Vorhersage- oder prediction-Servern. Dazu simuliert der Harvester einen menschlichen Benutzer, ruft die entsprechende externe Datenbankseite auf und speichert diese auf lokalen Festplatten ab. Als Basis zum Sammeln der Informationen dienten die Uniprot-Protein-Datenbank des Uniprot-Konsortiums und die IPI Datenbank (international protein index). Die Harvester-Sammlung umfasst derzeit:

Ein Bildschirmphoto von Harvester
  • Mensch: ca. 72.000 Seiten
  • Maus: ca. 54.000 Seiten
  • Ratte: ca. 41.000 Seiten
  • Zebrafisch: ca. 45.000 Seiten
  • Arabidopsis: ca. 34.000 Seiten
  • Drosophila: ca. 33.000 Seiten

Bioinformatische Angaben

Die Harvester-Suche vereint folgende bioinformatische Angaben:

Textbasierte Angaben

… von den folgenden Datenbanken:

  • Uniprot, weltweit größte Protein-Datenbank
  • SOURCE, übersichtliche Darstellung von Geninformationen
  • Simple Modular Architecture Research Tool (SMART),
  • SOSUI, untersucht Transmembrandomänen
  • PSORT, Vorhersage für Protein-Lokalisierung
  • Homologene, vergleicht Proteine verschiedener Spezies
  • gfp-cdna, Protein-Lokalisierung mit Hilfe von Fluoreszenzmikroskopie
  • International Protein Index (IPI).
  • OMIM, Umfangreiche Datenbank über Genveränderungen im Menschen

Datenbanken reich an graphischen Elementen

Diese Datenbanken werden nicht „gesammelt“, sondern in sogenannten Inline-Frames verlinkt. Inline-Frames sind eine Art durchsichtiges Fenster auf einer HTML-Seite. Durch dieses Fenster kann man in Echtzeit auf entsprechende externe Datenbanken „hindurchsehen“. Mehrere solcher Inline-Frame-Fenster werden auf einer Harvester-Protein-Seite kombiniert. Diese Methode erlaubt es, alle Informationen der verschiedenen Datenbanken auf einen Blick zu betrachten und zu vergleichen.

Derzeit werden folgende Server mittels Inline-Frame auf den Harvester-Seiten vereint:

  • NCBI-BLAST, findet lokale Sequenzübereinstimmungen
  • Conserved Domain Database findet Proteindomänen bekannter Funktion
  • Ensembl, Automatische Genannotation. Ein Projekt von EMBL-EBI und Sanger-Institut
  • Mouse_Genome_Informatics. Gen-Beschreibung und Phänotyp-Informationen der Maus
  • RZPD, Deutsches Ressourcenzentrum für Genomforschung in Berlin/Heidelberg
  • STRING, Server für die Darstellung von interagierenden Genen und Proteinen am EMBL
  • iHOP, verlinkt Literatur (pubmed) mit Hilfe von Gen- und Protein-Synonymen
  • Zfin, Zebrafisch spezifische Datenbank

Linkouts

Linkouts verlinken zu externen Suchmaschinen oder bioinformatischen Service-Einrichtungen.

  • Genome-Browser, übersichtliche Darstellung aktueller Genome von der UCSC
  • Mitocheck, Fluoreszenz-movies von siRNA Experimenten in Zellkulturen
  • Entrez Gene, Meta-Suchmaschine des National Center for Biotechnology
  • PolyMeta, Metasuchemaschine über PubMed, Scirus und andere Quellen Wissenschaftlicher Publikationen
  • Google Scholar, Googles Literatursuche
  • LOCATE subzelluläre Proteinlokalisations Datenbank (Maus)

Literatur

  • Liebel, U., Kindler, B. und Pepperkok, R. (2004) 'Harvester': a fast meta search engine of human protein resources. Bioinformatics. 2004 Aug 12; 20 (12): 1962-3. Epub 2004 Feb 26.[1]
  • Liebel, U., Kindler, B. und Pepperkok, R. (2005) Bioinformatic "Harvester": a search engine for genome-wide human, mouse, and rat protein resources. Methods Enzymol. 2005;404:19-26[2]

Weblinks


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